水利系本科学生组织共分为五大块。

团委——引导青年，服务青年：水利水电工程系团委是广大水利系共青团员开展活动、学习理论及交流思想的阵地。在院党委和校团委的领导下，水利系团委力践“引导青年，服务青年”的宗旨，通过开展主题教育、社会实践、志愿服务等一些列活动，为水利系同学营造出积极向上、团结紧张、严肃活泼的学习和生活氛围。

学生会——从学生中来，到学生中去：水利学生会始终以服务同学为宗旨，坚持“从同学中来，到同学中去”的工作原则。学生会下设常务部、宣传外联部、文艺部和体育部四个部门，通过开展学习、文体、权益等活动帮助同学锻炼能力、提高修养、丰富生活、拓宽视野。水利系学生会将永远以最年轻的姿态为水利系同学的大学生活编织青春、友谊与梦想，在最美的年华中一同书写属于水利人的故事！

学生科协——有困难，找科协：学术生活是大学生活中必不可少的一部分，而水利科协则是同学们参与学术生活过程的向导和伙伴。小到生活中软件的使用，信息推送，大到同学们的未来规划，生涯选择，本着“有困难，找科协”的宗旨，科协始终为同学服务；从新生阶段的水文化知识竞赛，到高年级的水利创新大赛、挑战杯，科协致力于打造具有学科特色的精品赛事。愿各位同学能与水利科协一起扬帆起航！

TMS协会水利系分会——我们的旗帜是共产主义：1995年，清华大学学生马克思主义学习研究协会（简称TMS协会）在水工12班等多个党课小组的号召下成立，从那时起，水利系就与TMS结下了不解之缘。到2016年，协会已经走过了风雨21载。“我们的旗帜是共产主义”，这是魏巍先生在协会成立时的题词。二十多年来，水利系TMS始终坚持这一定位，团结引领水利系同学以理论学习为核心内容，开展贴近青年、服务青年的社团活动，进而吸引青年、团结青年，最终实现引领青年、培养青年。学马列，求真知，胸怀天下事，早立悠悠报国志；懂理论，重实践，心系大众苦，渐成拳拳为民心。

职业发展协会——增强专业认知，服务同学发展：水利系职业发展协会于2017年正式成立。协会旨在“增强专业认知，服务同学发展”，紧密对接学校、系友、企业单位三方资源，通过开展系友沙龙、生涯导师、海外交流等项目活动，致力于帮助水利系每位同学发现自己的兴趣所在，收获理想的职业生涯。