水利水电工程系的专业设置主要面对水电开发和水资源管理两大行业，同时辐射能源、交通、电力、金融、环境、城建和农业等多个行业。培养学生掌握研究和解决水问题所需的地学、力学和管理学等相关基础知识，具备从事水利科研、管理和建设等工作的业务能力，形成兼具扎实基础、实践能力、创新精神、国际视野的综合素质，铸就以“智者乐水、仁者乐山”为核心的高尚品格，成为报效国家、奉献社会的卓越人才。

水利水电工程系结合人才培养定位开展就业引导，鼓励、引导毕业生到重点行业和领域建功立业，毕业生就业质量稳步提升，就业结构不断优化。

本科毕业生人数在90人左右，其中70%以上的毕业生选择在国内深造，15%左右的毕业生选择出国留学，15%左右的毕业生选择就业。选择在国内深造的毕业生中，有80%左右在系内直博直硕，20%左右在北京大学、浙江大学、同济大学等高校读研究生。选择出国留学的毕业生中，大部分选择到麻省理工学院、哥伦比亚大学等国际知名高校读研究生。选择就业的毕业生，到国有企业、地方政府工作的占绝大多数。

硕士毕业生人数在35人左右，其中80%左右的毕业生选择就业，15%左右的毕业生选择在国内深造，5%左右的毕业生选择出国留学。选择就业的毕业生到重点单位，如国有企业、科研单位、金融单位就业的占80%左右。

博士毕业生人数在35人左右。博士生职业选择呈现新态势，超过四成博士毕业生选择学术科研方向就业，近三成博士毕业生选择国有企业就业。

毕业生出国（境）深造层次高，在出国（境）留学的毕业生中，70%赴《泰晤士报》世界大学排名前50位的大学继续深造。