水利系的研究生培养方向覆盖水利工程一级学科、土木工程一级学科中的岩土工程研究方向以及管理科学与工程一级学科中的建设项目管理研究方向。硕士研究生按一级学科招生，研究方向有：水文学及水资源，水力学及河流动力学，港口、 海岸及近海工程，水工结构工程，水利水电工程，岩土工程，工程项目管理；博士研究生也按一级学科招生，研究方向有： 水沙科学与治河工程，水文学及水资源，水力学及水环境，水害学与防灾减灾，港口航道及海岸近海工程，岩土力学与工程， 混凝土材料与结构，水利枢纽工程，水利工程建设技术与管理，水利信息化与数字水利工程，建设项目管理。近几年通过各类途径（含推免、申请审核、硕博连读、国际生、工程博士）招收博士生80人左右；硕士生（含推免、统考、国际生）招收30人左右。