在学生培养方面水利系除长期坚持班主任和辅导员制度以外，近年来通过引入大一新生导引、大二大三导师制、“因材施教”水滴计划等逐渐形成一套行之有效的育人体系。水利系设有完整的奖助学体制，除校设各项奖助学金之外，系内还设有张光斗优秀奖学金、吴朝玉奖学金、雅砻江水电奖学金、云南辉固奖助学金等多项奖助学金，约有2/3以上的在校学生可获得资助。