水利系的本科生以“水利水电工程专业”招生，入学后实行宽口径培养。近年来每年招生人数约90人。培养计划着眼于人与自然和谐相处，致力于中国水资源的可持续利用，注重培养学生在水资源、水坏境、水灾害、水管理、水经济及水工程等方面的综合知识和能力。课程设置包括自然科学、工程科学、人文社会科学等基础类课程以及水资源工程、水利水电工程、基础与地下工程、港口航道工程等专业课程，实施本硕统筹培养模式。

2016年，“水利水电工程专业”调整为“水利科学与工程专业”。2017年，根据学校大类招生计划，按土木大类招收本科生。同年，开设海洋科学与工程本科辅修专业。